حتى يكون للمجلس الأعلى للتعليم دور فعال ومؤثر في دفع مسيرة التربية قدما وفي تطويرها نحو الأفضل ، وتماشيا مع الثقة الغالية التي صاحبت إنشاء المجلس بصدور المرسوم الأميري في 15 أغسطس 1987م صدر المرسوم الآخر رقم 99/1988م بكيفية نظام العمل في المجلس حيث نص في الفقرة الرابعة من مادته الأولى على أن( يكون للمجلس أمانة عامة ونظام للعمل يصدر بشأنهما قرار من الرئيس ) وتأسيسا على النص السابق أصدر وزير التربية بصفته رئيسا للمجلس الأعلى القرار الوزاري رقم 219/1988م والذي نصت المادة الرابعة منه على أن يرأس ذلك الجهاز أمين عام متفرع من ذوي الكفاية العلمية والخبرة العملية والقرارات الذاتية المتميزة . من هنا فإن دور الأمين العام ينبع من كونه القيم على شئون الأمانة العامة والذي يمكن إيجاز مهامه فيما يلي :