يلاقي مركز المعلومات العديد من المعوقات التي نتمنى أن يتم إزالتها في القريب العاجل حتى تتحقق كافة الآمال المنعقدة على المركز ونذكر من هذه الصعوبات مايلي :
تتراوح نسبة الخفض على مشروع الميزانية المالية لمركز المعلومات بين 21% ، 50% مما يؤثر على تنفيذ الخطط السنوية وإلغاء الكثير من الأعمال المخطط لها والجدول التالي يوضح ذلك .
| م | السنة المالية | مشروع الميزانية | المعتمد من اللجنة الوطنية | النسبة المئوية للخفض |
| 1 | 1995 / 1996 | 1.660.566 د . ك | 980.640 د . ك | 41% |
| 2 | 1996 / 1997 | 2.014.215 د . ك | 1.126.215 د . ك | 44% |
| 3 | 1997 / 1998 | 1.755.333 د . ك | 1.123.365 د . ك | 36% |
| 4 | 1998 / 1999 | 1.762.215 د . ك | 1.096.965 د . ك | 38% |
| 5 | 1999 / 2000 | 2.060.185 د . ك | 1.623.867 د . ك | 22% |
| 6 | 2000 /2001 | 2.448.270 د . ك | 1.936.760 د . ك | 21% |
| 7 | 2001/ 2002 | 3.206.727 د . ك | 1.615.535 د . ك | 50% |
| 8 | 2002/2003 | 2.448.370 د . ك | 1.936.670 د . ك | 31% |
| 9 | 2003/2004 | 5.813.570 د . ك | 2.366.000 د . ك | 59% |